Лучший способ читать структурированные двоичные файлы с помощью Java

Если бы вы использовали Preon, то file все, что вам нужно было бы files сделать, это следующее:

public class Header {
    @BoundNumber int version;
    @BoundNumber byte type;
    @BoundNumber int beginOfData;
    @BoundString(size="15") String id;
}

Получив java-libraries это, вы создаете кодек, используя .java одну строку:

Codec
 codec = Codecs.create(Header.class);

И вы используете jre кодек следующим образом:

Header header = Codecs.decode(codec, file);