Получение версии базы данных Alembic программным способом

Я предлагаю использовать python параметр объекта stdout Config() (см. here), чтобы sqlalchemy разрешить перенаправление alembic sys.stdout в буфер StringIO, как alembic это сделано здесь:

output_buffer = io.StringIO()
alembic_cfg = alembic_Config('/path/to/alembic.ini', stdout=output_buffer)
alembic_command.current(alembic_cfg)
output = output_buffer.getvalue()
print(output)