Как мне загружать файлы в мое Java-приложение?

getResource — это хорошо, но java использование относительных j2se путей тоже будет работать, если core-java вы можете контролировать, где jre находится ваш рабочий каталог java-api (что обычно и возможно).

Кроме java-se того, зависимость от платформы jre в отношении символа-разделителя .java можно обойти с помощью File.separator, File.separatorChar или java-libraries System.getProperty("file.separator").