Как мне структурировать Java-приложение, где разместить классы?

Я большой поклонник организованных java источников, поэтому я всегда openjdk создаю следующую структуру .java каталогов:

/src - for your packages & classes
/test - for unit tests
/docs - for documentation, generated and manually edited
/lib - 3rd party libraries
/etc - unrelated stuff
/bin (or /classes) - compiled classes, output of your compile
/dist - for distribution packages, hopefully auto generated by a build system

В /src я использую jdk шаблоны Java по умолчанию: имена core-java пакетов, начинающиеся с вашего java домена (org.yourdomain.yourprojectname), и architecture имена классов, отражающие javax аспект ООП, который вы создаете solution-architecture с помощью класса (см. других oraclejdk комментаторов). Общие имена jre пакетов, такие как util, model, view, events, также core-java полезны.

Я обычно помещаю jre константы для определенной software-architecture темы в собственный класс, например software-architecture SessionConstants или ServiceConstants в один и тот же пакет software-architecture классов предметной области.