NetworkX: матрица смежности не соответствует графу

Более общее решение, если adjacency-list ваши узлы имеют некоторый python-interpreter логический порядок, как в python случае, если вы генерируете python-interpreter граф с помощью G=nx.grid_2d_graph(3,3) (который matrix возвращает кортежи от (0,0) до py (2,2), или в вашем примере python-interpreter будет быть в использовании:

adjacency_matrix(G,nodelist=sorted(G.nodes()))

Это networkx сортирует возвращенный список adjacency-list узлов G и передает его как pythonic список узлов