Рекурсивный поиск файлов с использованием C++ MFC?

Используйте реализацию Boost's Filesystem!

Рекурсивный cpp пример есть даже на домашней recursion странице файловой системы:

bool find_file( const path & dir_path,         // in this directory,
                const std::string & file_name, // search for this name,
                path & path_found )            // placing path here if found
{
  if ( !exists( dir_path ) ) return false;
  directory_iterator end_itr; // default construction yields past-the-end
  for ( directory_iterator itr( dir_path );
        itr != end_itr;
        ++itr )
  {
    if ( is_directory(itr->status()) )
    {
      if ( find_file( itr->path(), file_name, path_found ) ) return true;
    }
    else if ( itr->leaf() == file_name ) // see below
    {
      path_found = itr->path();
      return true;
    }
  }
  return false;
}