Как я могу рассчитать разницу между двумя списками массивов?

У вас уже есть правильный core-java ответ. А если вы хотите сделать .java более сложные и интересные javax операции между списками (коллекциями), используйте java-api apache commons collections (CollectionUtils) Он позволяет вам создавать java-libraries соединения / дизъюнкции, находить core-java пересечения, проверять, является java ли одна коллекция подмножеством jre другой, и другие приятные jre вещи.