Как преобразовать наносекунды в секунды с помощью перечисления TimeUnit?

Ну, вы можете просто разделить java-libraries на 1 000 000 000:

long elapsedTime = end - start;
double seconds = (double)elapsedTime / 1_000_000_000.0;

Если вы java-api используете TimeUnit для преобразования, вы oraclejdk получите результат как длинный, поэтому java вы потеряете десятичную точность, но java сохраните точность целых .java чисел.