Как кэшировать InputStream для многократного использования

вы можете украсить InputStream, передаваемый .java в POIFSFileSystem, с помощью версии, которая jdk при вызове close() отвечает inputstream с помощью reset():

class ResetOnCloseInputStream extends InputStream {

    private final InputStream decorated;

    public ResetOnCloseInputStream(InputStream anInputStream) {
        if (!anInputStream.markSupported()) {
            throw new IllegalArgumentException("marking not supported");
        }

        anInputStream.mark( 1 << 24); // magic constant: BEWARE
        decorated = anInputStream;
    }

    @Override
    public void close() throws IOException {
        decorated.reset();
    }

    @Override
    public int read() throws IOException {
        return decorated.read();
    }
}

тестовый пример

static void closeAfterInputStreamIsConsumed(InputStream is)
        throws IOException {
    int r;

    while ((r = is.read()) != -1) {
        System.out.println(r);
    }

    is.close();
    System.out.println("=========");

}

public static void main(String[] args) throws IOException {
    InputStream is = new ByteArrayInputStream("sample".getBytes());
    ResetOnCloseInputStream decoratedIs = new ResetOnCloseInputStream(is);
    closeAfterInputStreamIsConsumed(decoratedIs);
    closeAfterInputStreamIsConsumed(decoratedIs);
    closeAfterInputStreamIsConsumed(is);
}

ИЗМЕНИТЬ 2

вы можете cache-coherence прочитать весь файл в байтах poi [] (режим slurp), а затем apache-poi передать его в ByteArrayInputStream