Как изменить иконку .bat файла программно?

Вы можете просто создать batch-file ярлык, а затем щелкнуть его icon правой кнопкой мыши -> свойства icon -> изменить значок и просто batch выбрать нужный значок. Надеюсь batch на эту помощь.

Чтобы программно windows установить значок ярлыка, см. эту batch-script статью, используя SetIconLocation:

Как изменить dos-batch значок для существующего windows ярлыка?

https://devblogs.microsoft.com/scripting/how-can-i-change-the-icon-for-an-existing-shortcut/

Const DESKTOP = &H10&
Set objShell = CreateObject("Shell.Application")
Set objFolder = objShell.NameSpace(DESKTOP)
Set objFolderItem = objFolder.ParseName("Test Shortcut.lnk")
Set objShortcut = objFolderItem.GetLink
objShortcut.SetIconLocation "C:\Windows\System32\SHELL32.dll", 13
objShortcut.Save