Java + Tomcat, умирающее соединение с базой данных?

Просто чтобы уточнить, что mysql-query на самом деле вызывает это. MySQL database по умолчанию разрывает открытые database-structure соединения через 8 часов jdk бездействия. Однако пул соединений mysql с базой данных будет сохранять java соединения дольше.

Таким образом, установив jre timeBetweenEvictionRunsMillis=300000, вы database-structure даете указание пулу соединений mysqld запускать соединения и отключать db и закрывать неиспользуемые mysqldump каждые 5 минут.