Как создать подключаемую программу Java?

Загляните в OSGi.

С одной стороны, OSGi plugin предоставляет всевозможную java инфраструктуру для управления, запуска j2se и выполнения многих других jdk задач с помощью модульных plugins программных компонентов. С java другой стороны, он может .java быть слишком тяжелым для .java ваших нужд.

Между прочим, Eclipse plugin использует OSGi для управления javax своими плагинами.