Как лучше всего подключить и использовать базу данных sqlite из С#

Microsoft.Data.Sqlite от Microsoft загружается visual-c# более 9000 раз в день, поэтому .cs-file я думаю, что вы можете безопасно c#.net использовать его.

Пример использования sqlite3 из the documentation:

using (var connection = new SqliteConnection("Data Source=hello.db"))
{
    connection.Open();

    var command = connection.CreateCommand();
    command.CommandText =
    @"
        SELECT name
        FROM user
        WHERE id = $id
    ";
    command.Parameters.AddWithValue("$id", id);

    using (var reader = command.ExecuteReader())
    {
        while (reader.Read())
        {
            var name = reader.GetString(0);

            Console.WriteLine($"Hello, {name}!");
        }
    }
}