Как мне запускать Rake-задачи в Ruby-скрипте?

Это работает с Rake версии rake 10.0.3:

require 'rake'
app = Rake.application
app.init
# do this as many times as needed
app.add_import 'some/other/file.rake'
# this loads the Rakefile and other imports
app.load_rakefile

app['sometask'].invoke

Как сказал Кнут, используйте cli reenable, если вы хотите вызывать cli несколько раз.